A könyvtár célja állományainak folyamatos bővítése, feldolgozása, és segítségnyújtás a kutatók számára.

A Bibliotheca Hungarica gyűjtőkörét az egykori Csehszlovákia, mai Szlovákia területén 1918-tól magyar nyelven, ill. egyéb nyelveken kiadott, a szlovákiai magyar kisebbség történetével, művelődésével, társadalmi és politikai életével foglalkozó monográfiák, tanulmánykötetek, valamint a szlovákiai magyar szépirodalom termése alkotja. A könyvtár jelentős részét képezi a kézikönyvtár, amely hazai, illetve külföldi hungarológiai diszciplínák műveléséhez szükséges alapmunkákon, kézikönyveken kívül, a kisebbségek történetével, nyelvével, művelődésével, életével foglalkozó szakirodalmat tartalmazza. A könyvtár könyvállományának harmadik egysége a nemzetiségi könyvtár, amely az egyéb nemzetiségekkel foglalkozó irodalmat gyűjti. A Bibliotheca Hungarica célja ezen állományok folyamatos bővítése és feldolgozása a Huntéka könyvtári program segítségével, amelynek on-line katalógusa segítségével elérhetővé válik az interneten is a kutatók számára.

A Bibliotheca Hungarica könyvállománya 2017-ben több mint 24.000 kötetet tartalmazott. A hozzánk érkező kiadványok feldolgozása folyamatosan történik, amely a könyvtár online katalógusában is nyomonkövethető.